長野地区で活躍する100番台はセミクロスシートとなっていますが片側ロングシート、もう片側はロングシートとボックスシートという変則的な配置となっている。トイレは運転席側に設置されている。

ボックスシートの配置は大糸線での展望を意識したと思われる。大糸線でボックスシートに座ると北アルプスを一望することができる。

ロングシート。首都圏向けの車両に比べるとクッションはしっかりしている印象。

ボックスシート。どことなく115系更新車のボックスシートに似ている。